Часовня Неопалимой купины.

По сторонам боковых нефов есть небольшие часовни. Самое же святое место в монастыре — часовня Неопалимой купины, расположенная за алтарной частью церкви. Войти в нее с улицы нельзя, это можно сделать только из церкви, минуя ее алтарную часть по одному из боковых нефов. В часовню можно входить, лишь предварительно сняв обувь. Ее алтарь находится над корнями Неопалимой купины. Сам же священный куст растет на высоком постаменте за стеной часовни, во дворе. Куст эндемичен; второго точно такого же куста нет на всем Синае.

Для туристов вход в монастырь открыт с 9 до 12 часов утра, кроме пятницы и воскресенья. Им показывают Неопалимую купину и переднюю часть церкви. Православным паломникам разрешают также пройти в часовню Неопалимой купины. Они могут присутствовать вместе с монахами на службах, которые ежедневно проходят в церкви в 4 часа утра, 12 часов дня и 4 часа вечера.

В церкви в маленьких металлических ящиках-раках хранятся мощи святой великомученицы Екатерины — голова и кисть левой руки. Мощи ее были обретены в Х в. на вершине самой высокой горы Синая, неподалеку от монастыря. С тех пор гора носит имя Св. Екатерины — как и сам монастырь. Поначалу же монастырь получил имя Божьей Матери — по символической ассоциации Богоматери — девы с горящим, но не сгорающим кустом Неопалимой купины. В 1025 г. монах из Сицилии Симеон Пентаглоссос привез часть мощей св. Екатерины в Европу и подарил их собору во французском городе Руан. Св. Екатерина родилась в Александрии, в знатной семье. Ее мать была христианкой и крестила свою дочь. Екатерина была красива и умна, и немало юношей просили ее руки. Но она всем отказала и решила посвятить свою жизнь Богу.

Когда в Александрию на языческое празднество прибыл римский император Максимин, Екатерина пришла к нему, назвала себя христианкой и стала изобличать язычество. Разгневанный император подверг ее пыткам. Но девушка была непоколебима в своих убеждениях. Видя ее твердость и веру, многие, в том числе и супруга императора Августа, обратились ко Христу. Тогда Максимин приказал обезглавить Екатерину. После казни тело ее исчезло. Согласно традиции, ангелы перенесли его на своих крылах на самую высокую гору Синая. Произошло это в период между 305 и 312 гг. День памяти св. Екатерины широко отмечается в монастыре 7 декабря.

В притворе церкви демонстрируются наиболее ценные иконы. Самая старая и знаменитая из них — Иисус Пантократор (Вседержитель). Эта довольно большая по размерам икона написана в Византии в VI в. восковыми красками. Всего же в богатейшей коллекции монастыря насчитывается более двух тысяч икон, преимущественно православных, разных времен и народов. Есть среди них и иконы русского письма.

Обитатели отдаленного и изолированного монастыря не поддались иконоборчеству, захлестнувшему Византию более чем на век (726-842 гг.), когда иконы уничтожались как символы идолопоклонничества. Находящиеся в обители ранние византийские иконы уникальны, они представляют собой исключительную историческую и художественную ценность.

Интерьер часовни Неопалимой купины.

Иконы писались и в самом монастыре, а также в его владениях-метохиях, разбросанных по Восточному Средиземноморью. Так, выдающийся художник эпохи Возрождения Эль Греко (1541-1614), испанец греческого происхождения, учился живописи на острове Крит, в монастыре города Ираклион, являвшегося метохией монастыря Св. Екатерины.